Практическую работу осуществляет исполнительная дирекция ФФОМС, возглавляемая директором. В ее структуру входят департаменты, управления, отделы.

В зависимости от специфики и объема выполняемых работ каждое структурное подразделение осуществляет организацию работы по основным направлениям деятельности фонда.

Основными направлениями деятельности ФФОМС являются, формирование бюджета и планово-экономическая работа. Эти направления включают в себя следующее: планирование сводного бюджета и бюджетное планирование; разработка и составление смет, штатов; статистика, финансовые расчеты и экономические обоснования; методологическое обеспечение формирования бюджета. Данная деятельность осуществляется работниками отделов, входящих в состав одноименного департамента фонда.

Контрольно-ревизионная работа фонда ведется его соответствующим подразделением. Она включает в себя осуществление им функций контроля: за поступлением и использованием средств; за хозяйственной деятельностью и использованием имущества; за реализацией материалов ревизий и проверок фонда и федеральных контрольных органов и прочее. Сюда же входит аналитическая обработка информации для обеспечения контрольно-ревизионной деятельности фонда, методологическое обеспечение деятельности органов ОМС.

Другим важным направлением деятельности ФФОМС является ведение финансов, бухгалтерского учета и отчетности. Эту работу осуществляют сотрудники департамента с таким же наименованием. Они выполняют следующие функции: исполнение сметы и хозяйственных операций центрального аппарата; сводная отчетность; методология бухгалтерского учета; анализ финансового состояния исполнительных органов и оперативной отчетности фонда; инвестиционная работа и долговые операции; управление централизованным резервом и финансированием исполнительных органов фонда; автоматизированный сбор, обработка и анализ; финансовая информация.

Правовое обеспечение деятельности ФФОМС включает вопросы применения законодательства, правового обеспечения бюджетной и финансовой политики фонда; развития законодательства об этом виде страхования; систематизации нормативных актов и др.

Внедрением в систему ОМС современных электронных средств связи и обработки данных занимается специально созданное для этого структурное подразделение. В его задачу входит программное обеспечение, включая обеспечение эксплуатации прикладных программных систем и компьютерное обучение; администрирование баз данных; телекоммуникацию и локальные вычислительные сети фонда; техническое обеспечение фонда; защиту информации.

В состав дирекции ФФОМС входят также управления и отделы: организационно-кадровой работы, по связям с общественностью, международный, имущества и хозяйственной деятельности фонда и др. [5, стр. 230-235]