Отдельным сегментом рынка РЕПО является совершение таких операций Центральным банком России под залог ГКО/ОФЗ. И хотя формально принцип совершения таких сделок практически не отличается от операций между профессиональными участниками, цели, которые ставят себе контрагенты в данный момент, совсем иные. Для Центрального банка механизм сделок РЕПО является инструментом регулирования текущей банковской ликвидности. Причем Банк России осуществляет как прямое РЕПО, так и обратное, т.е. предоставляет кредиты банкам или привлекает свободные деньги с рынка (см. таблицу). Тем самым в зависимости от ситуации на денежном рынке либо принимает дополнительные меры для стерилизации избыточной денежной массы, либо, наоборот, предоставляет банкам недостающие ресурсы.

Для второй стороны сделки преимуществом является несколько моментов: во-первых, по таким сделкам риски и контрагента, и инструмента залога минимальны. Во-вторых, денежные средства у ЦБР, как правило, можно занять под минимальную на рынке ставку.

«Минусами» являются некоторые ограничения, которые предъявляются участникам сделки для получения возможности осуществления операций РЕПО с ЦБР. То есть многие бы хотели, но не все это могут себе позволить.

Также необходимо упомянуть УКАЗАНИЕ ЦБ РФ от 30.12.2003 N 1365-У "ОБ ОСОБЕННОСТЯХ ПРОВЕДЕНИЯ БАНКОМ РОССИИ ОПЕРАЦИЙ ПРЯМОГО РЕПО С КРЕДИТНЫМИ ОРГАНИЗАЦИЯМИ", которым установлены особенности проведения Банком России сделок прямого РЕПО с кредитными организациями по государственным ценным бумагам и облигациям Банка России с расчетами по сделкам в валюте Российской Федерации. Под сделками прямого РЕПО понимаются сделки РЕПО с блокировкой обеспечения, по которым продавцом облигаций по первой части сделки и покупателем облигаций по второй части сделки является кредитная организация, а покупателем облигаций по первой части сделки и продавцом облигаций по второй части сделки является Банк России. Сделки прямого РЕПО осуществляются Банком России только с кредитными организациями, заключившими с Банком России соглашение о проведении операций прямого РЕПО.