Расчеты между РКЦ по операциям коммерческих банков, а также по их собственным операциям осуществляются через систему межфилиальных оборотов. На балансе ЦБР открываются два счета по межбанковским расчетам: "Начальные межфилиальные обороты" и "Ответные межфилиальные обороты". Расчетный центр, начавший операцию по расчетам (начальный провод), условно называется филиалом А, а принявший документы к ответному проводу – филиалом Б.[36, с. 18 ]

Операции банков осуществляются на основании специальных документов – авизо (официальное извещение о выполнении расчетной операции). Они могут быть дебетовыми или кредитовыми (в зависимости от содержания операции).

Правильность совершения расчетов РКЦ подтверждается совпадением начальных и ответных оборотов в процессе квитовки, т.е. сопоставления каждого ответного провода с начальным. Контроль за правильностью совершения расчетов между хозяйственными органами осуществляют коммерческие банки и их учреждения. В необходимых случаях привлекаются РКЦ и РЦИ Банка России.

Деятельность РКЦ тесно связана и напрямую зависит от качества работы вычислительных центров (ВЦ). В настоящее время коммерческие банки имеют возможность использовать для автоматизации своей деятельности как централизованную систему обработки информации, так и различные варианты локальных сетей либо сочетание обеих этих систем.

Централизованная система обработки информации (через ВЦ) имеет один недостаток: относительно низкую скорость совершения расчетных операций. Проблемы проведения расчетов связаны также с уровнем технической оснащенности РКЦ. Кроме того, сама методика этих расчетов сформирована с использованием большого числа бумажных носителей информации, что приводит к ошибкам и задержкам в почтовом обороте между РКЦ. Замедление платежей весьма негативно отражается на финансовом состоянии предприятия, формировании доходной части бюджета, приводит к осложнению взаимоотношений коммерческих банков с их клиентами.[27, с. 65]

Ведение картотеки неоплаченных расчетных документов к счету межфилиальных расчетов не допускается см. п. 2.5 ч. III Положения Банка России от 3 октября 2002 г. N 2-П "О безналичных расчетах в Российской Федерации".[6]

Кроме того, кредитным организациям (филиалам) разрешается осуществлять транзитные расчетные операции. В этом случае платежи осуществляются одной кредитной организацией (филиалом) по поручению другой кредитной организации (филиала) в третью кредитную организацию (филиал), где и открыт счет получателя средств.

Маршрут платежа (способ межбанковских расчетов) выбирается плательщиком при оформлении расчетных документов, исходя из имеющихся у обслуживающей его кредитной организации возможностей.